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银行短信服务费是从与银行账户关联的卡中直接扣收的，扣收的是卡里的余额，因此是直接从卡里扣钱。关于安全性问题，银行短信服务的安全性是相对较高的。银行在发送短信通知时，会采用内部短信系统或者合作的第三方短信服务商，这些短信内容都经过加密处理，确保信息传输的安全性。此外，银行对于客户信息的保护也有严格的规定和措施，以确保客户信息的安全。
也需要注意一些安全问题，一些不法分子可能会利用伪基站发送假冒银行的服务短信来骗取钱财，收到短信后需要仔细核对短信内容和发送方号码，确保短信的真实性，为了确保账户安全，还需要保护好个人银行卡信息和密码，不要随意透露给他人，如果发现账户异常或疑似诈骗短信，应及时联系银行客服进行处理。
银行短信服务费的安全性是相对较高的，但仍需注意保护个人信息和账户安全。